2月10日，为了挽救摇摇欲坠的共和国，秘鲁议会任命玻利瓦尔为独裁者。1824年3月，玻利瓦尔将他的指挥部从帕蒂威尔卡迁到特鲁希略，并建立起**所在地。8月24日，玻利瓦尔在特鲁希略附近发动胡宁战役，在邦博高原同何塞·德坎特拉克将军率领的保王党军队展开激战，尽管爱国军只有400名骑兵，但打的1300名西班牙骑兵落荒而逃。胡宁战役大捷，大大鼓舞了爱国军的士气，巩固了秘鲁的独立。
12月9日，他的部将苏克雷发动阿亚库乔战役，大破西班牙军，俘获二百多名保王党军官和数千保王党士兵，彻底摧毁了西班牙在拉丁美洲的殖民统治。在庆祝战役胜利的宴会上，流亡秘鲁的智利解放者贝尔纳多·奥希金斯·里克尔梅也前来祝贺。
1825年2月10日，秘鲁国会授予玻利瓦尔“终身总统”的荣誉和“秘鲁国父”的称号。
2月12日，为表示感激玻利瓦尔，秘鲁议会下令授予玻利瓦尔种种荣誉：一枚勋章，一座骑士雕像，100万比索给玻利瓦尔本人，100万比索给他的军队。玻利瓦尔谢绝了议会给他本人的钱，接受了给他的士兵的钱。2月18日，秘鲁议会拒绝玻利瓦尔辞去拥有无限权力的总统职位。
玻利瓦尔在担任秘鲁总统期间，通过了由何塞·格雷戈里奥·帕雷德设计的秘鲁国徽。创办了《秘鲁人报》开始了秘鲁同美国、巴西间的交往。1824~1826年，玻利瓦尔颁布了出售国家土地、解放奴隶和分配属于印第安人的村社土地的法令。约有10000名秘鲁人参加了他的军队。1824年，有3000名游击队员支援玻利瓦尔的军事行动。
阿亚库乔战役之后，玻利瓦尔派安东尼奥·何塞·苏克雷进军上秘鲁，击溃了上秘鲁境内的西班牙殖民军。1825年8月6日，在丘基萨卡召开的制宪会议上，上秘鲁宣告独立，当地人民尊玻利瓦尔为“上秘鲁之父”，国会授予他“国父、保护人、第一任总统”的头衔。为了表示对这位新共和国解放者的敬意，新共和国定名为“玻利瓦尔共和国”（后改称玻利维亚共和国[4]）。不久，玻利瓦尔来到玻利维亚。
10月26日，玻利瓦尔在波托西登上塞罗里科山；当国旗升起的时候，他对士兵们说：“我们已经把这面自由的旗帜，从奥里诺科的炽热沙漠带到了这里，并把它插上了这座高耸的山顶。这是我们的光荣。这座山的白银宝藏是使整个宇宙惊愕和羡慕的财富，但我认为比起我们的光荣来，这些财富是一文不值的。
尽管玻利瓦尔在玻利维亚逗留的时间很短，但却为玻利维亚人民做了很多工作，如发布保护印第安人利益的命令，禁止军队把印第安人当作农奴使用，禁止传教士为筹集节日经费向印第安人敲诈勒索；建立地方法庭和行政区划体系；制定法律，保证矿工和农民得到合理的报酬，部署对全国河流进行调查研究，以期能用于农业灌溉，提倡植树造林在丘基萨卡下令在最需要的地方栽种100万棵树木。创办学校；开设印刷厂；采取多种措施促进工商业发展，组建正规部队，设立海军。其中，他于1825年12月11日一天中颁布了三个法令：关于新玻利维亚国家教育制度的法令，关于收容和教育孤儿的法令以及关于在圣克鲁斯省分配国有土地的法令。</div>