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顺治十八年（1661年）正月，玄烨年仅八岁，二十四岁的父亲福临突然病逝。顺治帝生前没有册立太子，顺治十八年（1661年）他临终时接受汤若望的建议，因玄烨出过天花具有免疫力而选其为继承人，以遗诏的形式册立玄烨为皇太子。
当年正月初九日（2月8日），玄烨即位于太和殿，时年仅6岁（虚岁8岁），颁诏大赦，并改明年为康熙元年。顺治遗诏同时指派索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜四大臣辅政。玄烨八岁丧父，母亲孝康章皇后佟佳氏又在他十岁的时候病重。生母重病时，玄烨“朝夕虔侍，亲尝汤药，目不交睫，衣不解带”；十岁丧母，玄烨昼夜守灵，水米不进，哀哭不停。康熙后来回忆说，幼年在“父母膝下，未得一日承欢”。
四辅臣联合辅政的局面并未维持很久，他们之间的矛盾和斗争日益公开而激烈起来。在四人中，逐渐专擅实权的是鳌拜。他平时已表现出居功自傲，盛气凌人，但受“顾命”之初，尚能谨慎从事，履行誓词。然而，不出三年，他就暴露出骄横和专权的野心。他位在最末，不甘人后，处处越位抓权。首先便跟苏克萨哈不相容。
康熙三年（1664）四月，鳌拜遂以倭赫等人擅骑御马、取御用弓矢射鹿之罪名将其处死。费扬古对鳌拜痛恨不已，鳌拜又以“怨望”的罪名，将他及其子尼侃、萨哈连一并处死，家产籍没，给予都统穆里玛（鳌拜之弟）。费扬古一门惨遭家破人亡之祸。不过，鳌拜这次意图打击苏克萨哈的举动失算直接导致了自己的下台。
鳌拜没有想到却有三个不怕死的官员敢于违拗自己换地的要求。他对户部尚书苏纳海、直隶总督朱昌祚、巡抚王登联三人极为恼怒，分别以苏纳海“藐视上命”、拨地迟误，朱昌祚、王登联“纷更妄奏”的罪名，俱论死罪。康熙虽然年幼，但心知苏纳海等三人并无大罪，只因惹怒了鳌拜而被妄加罪名而已，于是召集辅政四大臣询问意见。
鳌拜坚持要将三人处以极刑，索尼、遏必隆附和，苏克萨哈知道自己若反对极易惹火烧身，只好沉默不语。但小皇帝不允鳌拜所奏，只是批准刑部拟定的处罚，即将三人各鞭一百，没收家产。鳌拜公然无所顾忌，最终竟矫旨将三人处死。然后，鳌拜强行换地。
1664年冬，鳌拜废除新历，逮捕了已经中风瘫痪的汤若望和南怀仁等传教士。
康熙三年九月二十六日，清廷“会审汤若望，以及钦天监官员，翌年三月十六日，廷议将钦天监监正汤若望，刻漏科杜如预，五官挈壶正杨弘量，历科李祖白，春官正宋可成，秋官正宋发，冬官正朱光显，中官正刘有泰等皆凌迟处死。已故刘有庆子刘必远，贾良琦子贾文郁，宋可成子宋哲，李祖白子李实，汤若望义子潘尽孝俱斩立决。”
在汤若望等人经初审被判处死刑之后，曾进行了一次由中国、回回和西洋三种观测法同时预测日食时间的实际检验活动。结果南怀仁等人据西洋历法预测的日食时间与事实相符，最为正确。但是，对汤若望等人的处罚非但没有减轻，反而又加重了：由绞刑变成了最残酷的凌迟。
事情很清楚，朝廷只是希望南怀仁等人出现错误，从而为迫害他们寻找有力的借口。否则的话，西洋人正确的日食预报应该成为减轻或撤销他们罪名的理由和依据。按照判决，次年汤若望应凌迟处死。
但不久天上出现被古人认为不祥之兆的彗星。京城又突然发生了大地震，皇宫在地震中遭到破坏，而且有宫殿着火。这显然吓呆了清宫统治者。汤若望免死羁狱，旋获孝庄太皇太后特旨释放，汤的仆人潘尽孝也免去一死。而其他上面列出的从事西学的汉人，还是被斩头。至此，徐光启在崇祯年间，精心培养的一大批汉人的西方数学天文专家，被彻底杀灭扫荡干净。杨光先乃出任钦天监正，吴明煊（明炫之弟）为监副，“复用大统旧术”。行之数年，误差日大。
1666年8月15日(康熙五年七月十五)，汤若望病死于寓所。1669年（康熙八年）十一月十六日，康熙又发布了对汤若望的祭文：“皇帝谕祭原任通政使司通政使，加二级又加一级，掌钦天监印务事，故汤若望之灵曰：鞠躬尽瘁，臣子之芳踪。恤死报勤，国家之盛典。尔汤若望，来自西域，晓习天文，特畀象历之司，爰锡通微教师之号。遽尔长逝，朕用悼焉。特加因恤，遣官致祭。呜呼，聿垂不朽之荣，庶享匪躬之报。尔有所知，尚克歆享。
康熙六年（1667年）六月，首辅索尼病故。七月初七，14岁的康熙帝正式亲政，在太和殿受贺，大赦天下。但仅十天后，鳌拜即擅杀同为辅政大臣的苏克萨哈，数天后与遏必隆一起进位一等公，实际政局并不受康熙帝直接掌控