持新法之比利时传教士南怀仁等与持旧法之杨光先等交争不已，康熙七年（1668）十一月，特派员察勘两造实际观测，证明新法优于旧法。杨光先被革职，任南怀仁为钦天监副，于康熙九年（1670）复行时宪历。经过这场斗争，新法终于战胜旧法。
南怀仁得到皇帝的信任后，不失时机而又审慎地请求皇上让流放在广州的传教士们回归内地，并在全国各地自由传教。皇帝即出谕旨，保证凡在他幼年辅政时期遭受磨难的神父可安心向他呈诉。于是南怀仁和两位同会会士奏请追究杨光先等僭越大权，假公济私进行诬陷，禁止宣扬真教并驱逐传教士一案。
经有关各部及王公大臣等会同审议后，终于皇谕公布：天主教教义教规曾被不公正地查禁，今查明并无违反国家利益庶民职守之道。为此，凡被逐教士可回原堂从事本职。谕旨并为汤若望公开平反昭雪，恢复原赐荣衔，又拨巨款为其修建坟墓。这道谕旨在1671年颁布。
当时，康熙帝经常召集少年侍卫在宫中作“布库”之戏，康熙八年五月十六日（1669年6月14日），他突然命令这些侍卫在鳌拜进见时将其逮捕。大臣商议鳌拜大罪三十条，请求诛其族，康熙帝念鳌拜功劳，赦死罪而拘禁，但诛杀了鳌拜的很多弟侄亲随及党羽，不久鳌拜死于禁所。
仅存的另一辅政大臣遏必隆因为长期勾结鳌拜，被削去太师、一等公的爵位。康熙帝由此完全夺回朝廷大权，开始真正亲政的阶段。康熙帝铲除鳌拜之后，甄别官吏，为被鳌拜矫旨处死的苏克萨哈等昭雪，奖励百官上书言事，禁止圈地等弊政，实操朝政大权。
康熙十二年（1673年）三月，以平南王尚可喜请求归老辽东，但请求留其子尚之信继续镇守广东为引线，引发了是否撤藩的激烈争论。最后康熙帝认为“藩镇久握重兵，势成尾大，非国家利”，决定下令“撤藩”。七月，吴三桂假装请旨撤藩，康熙帝同意。同年十一月，吴三桂在云南提出反清复明，杀云南巡抚朱国治。并于次年派将率军进攻湖南，攻陷常德、长沙、岳州、澧州、衡州等地。
他又派人四出散布檄文。广西将军孙延龄、四川巡抚罗森等许多地方大员纷纷反清。接着，福建耿精忠亦反。在短短数月之内，滇、黔、湘、桂、闽、川六省丢失，一时间清帝国危在旦夕。随后，陕西提督***、广东尚之信等也相继反叛，叛乱扩大到广东、江西和陕西、甘肃等省。
康熙帝的对策是坚决打击吴三桂，决不给予妥协讲和的机会；而对其他的叛变者则大开招抚之门，以此来分化敌军，削弱吴三桂的羽翼，从而孤立吴三桂。在这个方针之下，康熙帝把湖南作为军事进攻的重点，命勒尔锦等统领大军至荆州、武昌，正面抵住吴三桂，并进击湖南，又命安亲王岳乐由江西赴长沙，以夹攻湖南。此外，康熙帝又放手重用汉将、汉兵作战。
1675年，南怀仁又作出了为人称誉的业绩。当时吴三桂叛乱，并挫败清军。因吴三桂叛军盘踞山区，非大炮就无法进攻。南怀仁当时把汤若望所铸火炮修复。除此之外，南怀仁从事于其他有利国计民生的大量工程：如开掘运河，疏通河道。在从事繁重的科研工作的同时，他从不忽视宣传信仰方面的本职任务。
康熙十五年（1676年），陕西***和福建耿精忠在清军进攻下，先后投降。南怀仁被任命为耶稣会副省会长。他为人谦虚热诚，急人所急，不遗余力；但律己甚严，视世荣如敝屣，坚守神贫，苦身克己；他恪守修会职责，视富贵如浮云；南怀仁一直怀着为主致命的期望，他以高度的耐力承受了病中的剧烈痛苦。1688年，领受终傅圣事之后，安逝于主怀，享年六十五岁。安葬在北京。谥勤敏。
广东的尚之信于康熙十六年（1677年）投降。陕、闽、粤以及江西都先后平定。吴三桂局促于湖南一隅之地，外援日削。而清军已由江西进围长沙，其失败之势已成。
康熙十七年（1678年）三月，吴三桂在衡州称帝，国号周，大封诸将。未几即忧愤成疾，于八月病死。吴三桂死后，其部将迎立其孙吴世璠继位，退居云贵。此后，清军先后收复湖南、广西和四川。康熙二十一年（1681年）冬，清军攻破昆明，吴世璠自杀，三藩平定。</div>