2月27日，苏克雷在德塔尔基的波特特战役中打败何塞·德·拉马尔的秘鲁入侵者。5月，战败的秘鲁被迫与大哥伦比亚停战。
7月21日，大哥伦比亚复克瓜亚基尔，人民欢迎“解放者”凯旋归来。
9月13日，玻利瓦尔写信给奥利里，说：“众所周知.新格拉纳达和委内瑞拉的联合只是由我的权威来维系，而当上帝和人民愿意的时候，这种权威现在和今后都会丧失……”。同日致函派斯，他写道：“我已命令向所有公民和社会团体发出通告，要求他们郑重其事地发表意见。
现在您可以正式地敦促他们，让民众说出心里话。如今已到了委内瑞拉提出自己主张的时候了，它除了全局的利益外，什么也不要考虑。如果采取根本措施让你们说出真实打算的话，改革将会圆满完成，公众的愿望也会得到满足……”
9月22日，玻利瓦尔在瓜亚基尔与秘鲁签订和约。10月20日，回到基多。10月24日，玻利瓦尔在基多签署由波哥大执政委员会草拟的《矿业法》，该法令成为日后委内瑞拉矿业和石油法的基础。10月29日，赴圣菲波哥大。
12月5日，玻利瓦尔从波帕扬给胡安·何塞·弗洛雷斯写信，他说：“苏克雷将军可能是我的继承人，大概我们所有人都会支持他，从我这方面说，我将全心全意这样做。”12月15日，他向派斯表示不再接受共和国总统职务，如果议会推选派斯当哥伦比亚总统的话，他以自己的名誉发誓将十分乐意为他效劳。[3]
而在这时，大哥伦比亚出现了一股要求建立君主制的势力。玻利瓦尔表示坚决反对，12月18日，他断然拒绝在哥伦比亚实行君主政体的草案。
正当君主制问题在圣菲波哥大闹得不可开交之时。委内瑞拉首领何塞·安东尼奥·派斯·埃雷拉又在委内瑞拉向玻利瓦尔发难。他违背向玻利瓦尔许下的诺言，策划把委内瑞拉从大哥伦比亚分离出去的活动。玻利瓦尔受到来自几方面的攻击，再加上肺病日趋严重，此时他已心力交瘁，几乎不能支撑下去。
1830年1月15日，玻利瓦尔重新前往圣菲波哥大。1月20日，玻利瓦尔致函提出辞去总统职务。1月27日，玻利瓦尔要求议会准许他去委内瑞拉。大哥伦比亚议会拒绝了他的请求。3月1日，玻利瓦尔将权力移交国务委员会主席多明戈·卡伊塞多，而后退居富查。4月27日，玻利瓦尔在致特别议会的信中重申他不再继续担任总统的决心。
5月8日，玻利瓦尔离开圣菲波哥大去他的最后归宿之地卡塔赫纳。****，苏克雷遇刺身亡。玻利瓦尔在卡塔赫纳附近波帕山下获悉这一消息，深感震惊，犹如晴天霹雳，精神受到巨大打击。9月5日，乌达内塔在显然缺乏公众威信的情况下主持大哥伦比亚**工作。在新格拉纳达的波哥大、卡塔赫纳和其他城市发生游行示威和暴动要求“解放者”重新执政.与此同时，乌达内塔等待他归来。
1830年9月18日，当获悉安排乌达内塔领导**工作后，玻利瓦尔表示甘愿做一个公民和战士来保卫共和国的完整，并宣布将率2000人去波哥大支持现存**。他拒绝了部分人要他重新执政的要求，理由是，如他重新上台会有篡权之嫌，但同时他也明确表示，在以后的选举中，“合法的阴影将会笼罩着他，或者产生一位新的总统”。最后，他要求同胞们团结在乌达内塔**周围。
1830年12月1日，玻利瓦尔拖着病体疲惫不堪地乘船抵达圣玛尔塔，此时，玻利瓦尔已经病入膏肓，卧床不起了。12月10日，玻利瓦尔向圣玛尔塔大主教口授遗嘱，要求把他的遗体安葬在他的故乡加拉加斯。同时玻利瓦尔做了最后一次公告，在医生的一再坚持下，玻利瓦尔作了忏悔和接受了圣礼。
玻利瓦尔说：“这是怎么回事？……难道我的身体已经到让你们给我谈遗嘱和作忏悔的地步了吗？……我怎样才能从这个迷宫中走出去啊！”玻利瓦尔的病情极度恶化。玻利瓦尔在临终前仍不忘大哥伦比亚的巩固，在他的遗嘱中说：“在我同你们诀别的时候，我对你们的亲密感情驱使我倾吐最后的愿望。
我唯一渴望的荣誉，就是大哥伦比亚的巩固。保持联盟会带来无可估量的裨益，你们大家都应为此贡献力量：人民当服从现**的领导，摆脱无**的状态；神职人员应向上天祈祷；军人应仗剑保护社会福利。大哥伦比亚的同胞们，我的最后愿望是祝福祖国。如果我的死有助于结束派系之争，巩固联盟，我将瞑目进入坟墓。”12月17日，一代伟人在圣佩德罗·亚历杭德罗乡间别墅溘然长逝。
1842年，根据玻利瓦尔的遗嘱，一代伟人的遗体被移葬至加拉加斯伟人祠。</div>