在他秉政期间，他利用乾隆帝年老昏愦，喜谀厌谏的思想，报喜不报忧，一方面积极经营，扩大权势，“内而公卿，外而藩阃，皆出其门”；一方面凭借自己的权势索取贿赂，“纳赂谄附者，多得清要，中立不倚者，如非抵罪，亦必潦倒”。从中搜刮到了骇人听闻的巨额财富，而乾隆后期的政治亦因此而达到了非常腐朽的地步。
吏治的腐败还体现在乾隆三十三年（1768年）发生的两淮盐政高恒、普福和盐运使卢见曾贪污盐引案。乾隆四十六年（1781年）六月，甘肃出现捐监冒赈奇贪案，命刑部严审总督勒尔谨，逮捕王亶望，皆处死。乾隆四十七年（1782年），四月，山东巡抚国泰、于易简亏空库帑案发，和珅等查办，革职逮问，旋皆处死。对于各案要犯，乾隆帝虽然皆处以极严厉的刑罚，但是贪风并未因此而有所收敛。相反，贪风的恶性发展使得各级官吏严重不纯，为政素质普遍降低。吏治一坏，直接导致了乾隆后期统治走向下坡路。
乾隆四十六年（1781年）正月，甘肃人苏四十三率回民起义。乾隆五十二年（1787年）三月，林爽文攻占诸罗、凤山，进逼台湾府，所占县城随即失去，局势十分严重。五月，湖南凤凰厅的苗民起义，被清总兵尹德禧镇压。针对台湾的严峻形势，同年八月，乾隆帝命福康安为将军、海兰察为参赞大臣，赴台进剿林爽文起义。十二月，福康安以镇压林爽文之功，晋公爵。
乾隆五十三年（1788年），安南阮氏篡国对宗藩体制发起了挑战。十月二十八日，两广总督孙士毅奉命带兵出镇南关，用兵安南。次年正月初，清军兵败而归，最终阮惠主动向清朝请和，乾隆帝同意讲和并承认了阮惠为安南的新君主。
乾隆五十六年（1791年）八月，廓尔喀再犯后藏。十一月，令福康安率军赴藏，征廓尔喀。次年（1792年）六月，福康安败廓尔喀军，出境作战。廓尔喀战败乞降，福康安班师。九月，乾隆帝令福康安、孙士毅等定西藏善后事宜。定金奔巴瓶抽签制度。乾隆五十八年（1793年）三月，乾隆帝通谕设金奔巴瓶于北京雍和宫，饬理藩院堂官、掌印札萨克喇嘛等共同掣出蒙古所出之呼毕勒罕。
六月，英使马戛尔尼来华，英国人被安排1793年农历八月十三日（乾隆八十大寿）去热河避暑山庄谒见皇帝，不过，这个庆典不是为他们，而是为乾隆帝准备的，英国人和其他贡使一样，不过是给节目增加点异国风味罢了。
那天的拂晓3点钟，在清朝接待官员的催促下，马戛尔尼和他的随行人员身着礼服向皇宫出发。英国人在一片漆黑中走4公里多的路。4点左右，英国人终于来到灯火辉煌的宫殿前，但他们的队伍已乱成一团。上千名的天朝官员、各国贡使和仆役，在无边的黑暗中等待皇帝的到来。英国人第一次见识中国的早朝制度。</div>