殷仲堪见桓玄和殷仲堪驻军在外，没有听从号令尽快回荆州，就威胁二人：两日之内不回到荆州，他就会把杨佺期、桓玄以及其他军官留在荆州的家眷全都处死！
杨佺期和桓玄这才急忙赶回荆州。三人坐到一起，意识到现在不能彼此猜忌、互相残杀，中了朝廷的奸计。三人向朝廷上疏为王恭鸣冤，要求严惩司马尚之和刘牢之，并强调殷仲堪没有罪过，不应该被降职。接受桓玄担任江州刺史、杨佺期担任雍州刺史这两项任命。
朝廷最终和殷仲堪、杨佺期、桓玄三人达成妥协：朝廷不追究司马尚之和刘牢之的过错，殷仲堪也不用降官去广州。
荆州军和北府军第二次讨伐“乱臣”的行动终于平息。而孙恩率领的“长生军”马上在三吴一代搅起了滔天巨浪。
孙泰的死讯传回新安郡，孙恩发誓要为叔叔报仇，“长生军”也不用打着“讨伐王恭”的旗号了，直接进攻各个县城郡城，各地的信徒和走投无路的流民不满朝廷久矣，纷纷加入“长生军”，“长生军”的队伍迅速壮大，上虞县、会稽郡纷纷被“长生军”攻占。
“长生军”一路烧杀抢掠，如同蝗虫过境、片甲不留。他们对朝廷的那些狗腿子县官郡守恨之入骨，每攻下一城，当地官员都被残忍杀害，然后将他们的肉煮了，强迫这些官员的妻子家人吃肉，如果不吃，也要被杀死。
会稽太守王凝之，是书圣王羲之的儿子，王献之的哥哥。“长生军”杀进会稽郡，王凝之被当场斩杀。他的妻子就是“咏絮之才”的谢道韫，虽是女流之辈，却不像他丈夫一样只会大做法事寄望于请来“鬼兵”守城。谢道韫携带家丁，拿起刀剑奋力拼杀，但还是被“长生军”擒住。孙恩本想将谢道韫杀死，但与他一同起事的妹夫卢循劝阻孙恩，说“谢道韫是谢家才女，有胆有识，是女中豪杰，不要滥杀无辜。”孙恩饶过了谢道韫，放她回到谢家。
“长生军”数万大军要吃饭，对周围的村民难免有抢夺骚扰，而他们号称秉承神的旨意扫平人间罪恶，凡是不信教者都有罪，凡是不给“长生军”提供钱财粮米的就是恶人。因为不愿加入“长生军”，或者不甘心被抢夺财物而奋起反抗，被长生军“替天行道”杀死的无辜平民不计其数，颇有“顺我者昌逆我者亡”的架势。本来有些不愿跟随长生军的平民，在他们的淫威之下也不得不屈服。
“长生军”很快从一万膨胀到十几万，其中老幼妇孺都有。他们相信：杀人是替天行道，抢粮抢钱抢人，不但不用担心被治罪，还是大大的功劳，都会被神仙记录在册，将来升天了也要按照杀人多少功劳大小安排座次，这样的好事当然要一拥而上。
这一日，吴兴郡城中一片大乱，百姓扶老携幼惊慌奔逃，太守府中也是乱成一团。“长生军”攻破了郡城的城门，洪水一般冲进城内，直奔太守府而去。
吴兴太守叫谢邈，他是谢安的侄子，此时正在府中卫兵的护送之下，慌慌张张准备马车，正要逃跑。</div>