这时，上海地方教会经过改组，由唐守临、任钟祥以及左弗如负责。他们和北京地方教会的负责人阎迦勒宣布再次革除倪柝声。许多信徒不再去南阳路聚会所聚会。
在**召开的控诉大会上﹐倪柝声被“揭发”出一连串令人难以想象的罪名，批倒批臭：政治上无比反动，如其中的一个罪名是在1940年代不赞成学生信徒上街进行反对国民**的游行示威（因为坚持圣经中顺服**权柄的要求），另一个罪名是让青年学生移居台湾这个“水深火热、暗无天日”的地方；又欺骗**，虽然是中国人自办教会，却与外国传教士有过来往，对他们还有过同情，因此没有站在坚决反帝的人民立场上。
其他还有很多耸人听闻的反革命、特务罪名；经济上偷漏巨额税款（数目高得荒唐，甚至超过药厂总价值），欺骗**；生活上荒yin无耻﹐甚至有与女同工私通的电影胶片公开展览（没有头部）。许多信徒指出，当年的摄影机极为笨重，要拍摄这样的影片需要多人协助，因此根本无法做到保密，因此这个指控显然是捏造的谎言。
如同他一贯的作风，倪柝声没有否认对他的指控（他常说：“我比你说的还要坏”）﹐而当时导致地方教会大量信徒受到打击。许多基督徒不相信这些指控属实，并同情倪的遭遇。但倪的家人和海外地方教会人士﹐由于地方教会的信仰特点，至今没有要求**为他平反。（受倪柝声影响的信徒，普遍都认为诽谤、误解属于十字架的苦难，对信徒属灵生命的长大有益，没有必要主动从十字架上下来，如活到1980年代、后来出狱的蓝志一不顾子女的再三苦求，也始终不肯向**要求平反，因他认定那是“为主受苦”，是“基督徒的荣耀”）。
有一些反对倪柝声神学立场和地方教会观点的人士，如**建道神学院的梁家麟，最出版了《倪柝声的荣辱升黜》，坚持相信中共1950年代对倪的指控并非捏造﹐而地方教会受到的打击则出自神的审判，根据之一是王明道日记中，说他曾从北方地方教会的一位弟兄听说“倪柝声犯了罪”。根据之二是李文蔚(前北京宽街聚会处成员)的传言。梁家麟因出版此书，受到地方教会内外一些基督徒的多次批评和抗议。
倪柝声被控诉、判刑之后不久，大陆基督教于1958年实行联合礼拜。上海地方教会使用不到10年的南阳路聚会所也被迫“献给”国家，后来改为静安体育馆。
倪被判刑15年，关进上海提篮桥监狱，以后一直没有出狱。
1971年11月7日，倪柝声的妻子张品蕙在上海病故。1972年6月1日凌晨，倪柝声在安徽省广德县白茅岭监狱（属于上海市管理）逝世，享年69岁。</div>