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1801年贝多芬着手创作清唱剧《基督在橄榄山上》。虽然这部作品在1803年就首演了，但是贝多芬坚持对之修改，直到1811年才发表。贝多芬学者迈纳德·所罗门斯认为，这部作品有贝多芬暗示自身生活态度的意味，“对自己的个人、音乐和意识进行深刻思辩”。
1802年，贝多芬原拟将自己的a大调第九号小提琴奏鸣曲献给乔治·布里治涛尔，但是后者一次酒后狂言，得罪了贝多芬的一位朋友。贝多芬一怒之下，将奏鸣曲献给了当时非常优秀的小提琴家鲁道夫·克罗采。于是，这首奏鸣曲便被冠以“克罗采奏鸣曲”之名。而克罗采却终身未演奏过此曲，还嫌曲子是不可演奏的。
也是在这一年，贝多芬到维也纳的修养地圣城，意图靠当地矿泉水浴，以治疗自己日益严重的耳硬化症。虽然前一年贝多芬还写下过：我决心扫除一切障碍，我相信命运不会抛弃我，我恐怕需要充分估量自己的力量，我要扼住命运的咽喉的壮语，但是在圣城他的情绪则一度陷入低谷，还写下了一封寄给自己兄弟的信，后世称之为《圣城遗书》（一译海利根施塔德遗书）。这封信在1827年才被发现。信中的语气悲观可怜，可见贝多芬的耳疾导致其出现自杀的念头，只有他的音乐，和一种模糊的对世人的使命感才让他不致走上绝路。
和这封遗书几乎同时杀青的《第二交响曲》却讲述着另一种人生态度。交响曲意气风发，全无惆怅阴霾，让人看到更多的是对生命的歌颂。这首音符版本的宣言无疑让前面说到的文字版本显得真伪难定。研究表明，遗书是真的，而且《第二交响曲》早在贝多芬休养前就已大体完成，圣城期间只是细节上的修改而已。这样将两者在时间上错开可以勉强解释事体，《第二交响曲》也因此得了个别名“英雄的谎言”。
无论如何，《第二交响曲》给人耳目一新的感觉，隐约可见日后贝多芬的身影，第一乐章迅厉的行进、紧凑的节奏，能给听众留下深刻的印象。而第四乐章，极快的快板，则被柏辽兹称为第二谐谑曲。《第二交响曲》很快在1803年就在维也纳第一次与听众见面。同年贝多芬也得到了维也纳戏剧院作曲家这一职位，并着手进行下一部交响曲的创作。
18、19世纪之交，法国大革命震动着欧洲大陆，罗马帝国因此而走向历史的终点，此时登上历史舞台的拿破仑，首先以维护共和、捍卫革命的面目出现，一时间成为很多青年心目中的“普罗米修斯”，是革命的代表和革命原理的传播者。
据说早在1798年，驻维也纳的法国大使贝尔纳多特将军曾建议贝多芬为拿破仑写上一曲。但贝多芬并未为之全力以赴，先在1802年（一说1800到1801年）创作了芭蕾舞音乐《普罗米修斯的创造》，有应和这种波拿巴热的意味。但是编舞者维加诺却让贝多芬失望，普罗米修斯的英雄气概在舞台上并未得到充分表现。为此贝多芬创作了《降e大调第三交响曲》。
这也是与之前海顿、莫扎特式的作曲动机不同的，贝多芬出自个人动机去写它，献给的是“永恒（的世界）”和“人类”。相比起以前，作品在大众面前被奏响，而作曲者自己则退居幕后，而听众在《第三交响曲》中可听到作曲家本人自己的心声、愿望、激情和世界观，这也是音乐发展到当时，即使不是第一次，也是为数不多的第前几次。
这部交响曲篇幅长达45分钟左右，因为它里面要包含比以往命题作曲更多的精神内涵。这交响曲，是音乐史发展到当时为止所见的最宏大的器乐作品，不但是贝多芬自己创作史上的转折点，更是交响曲发展史上的转折点。
这部《第三交响曲》完成于1804年，舞剧音乐的终曲，一段快乐而又雄健的乐曲，贝多芬对之钟爱有加，不但用它写出了《降e大调英雄主题变奏曲》，还会将之放到《第三交响曲》的第四乐章中，可见“普罗米修斯”与《第三交响曲》之间乐思和政治理念的传承。这部第三对他的意义非比寻常，而他自己则对这部投入了自己激情和理想的作品非常满意。确实，也只有如此，贝多芬才有将之献给法兰西第一国民议会，甚至是拿破仑的心理基础。
1804年5月，法兰西第一帝国成立，拿破仑称帝的仪式在12月2日巴黎圣母院举行。对贝多芬来说，这不单单是共和制被帝制取代，而是拿破仑背叛了革命。于是，指挥家费迪南·里斯讲述了一个可能有所夸张故事，贝多芬撕去了《第三交响曲》上写有献给拿破仑的扉页。目前人们可在维也纳音乐之友协会看到贝多芬1804年8月的亲笔手稿，原来的（为波拿巴而作的大交响曲）被划去，取而代之的是模糊的铅笔字迹（以波拿巴为题材而作）。交响曲中“英雄”一名，来得有点含糊。
1804年8月26日贝多芬在写往出版商的信中提到，交响曲的标题为《波拿巴》。但它在1806年第一次出版时，就已经被冠上“《英雄交响曲》为纪念一位伟人而作”的标题。就是说，这首交响曲更多的是献给一位理想化的人物，他会为人类的解放而战。当时的贝多芬不论对拿破仑有多反感，后来肯定有所缓和，在1809年一次拿破仑原定出席的音乐会上，贝多芬指挥了这首交响曲。而且他还考虑将自己的《c大调弥撒曲》献给拿破仑。当1821年拿破仑逝世时，贝多芬对此说道：“我早已为此变故写好了合适的音乐。”