第二路援军紧随而来。普加乔夫带兵埋伏在一个山头上，山下是一条河。官兵在本尔内舍夫上校率领下来到河边，这正是1773年11月份，河上结着薄冰，寒风刺骨。本尔内舍夫向四处观察了一会儿，只见周围静悄悄的，心中祈祷千万别遇上普加乔夫的埋伏。他下令队伍立即过河。官兵刚到河中间，突然一阵炮响，起义军从河边的山头上冲了下来，呐喊声惊天动地，陷入包围的官兵还没来得及抵抗就当了俘虏。本尔内舍夫见势不妙，急忙化装成马车夫想逃走，结果被起义军抓住，当场处死。
第三路援军听见两路人马溃败的消息，不敢大意，绕路冲到奥伦堡城下，被守城的官兵接了进去。1774年春天，叶卡杰琳娜二世再次派大军增援奥伦堡，1774年3月22日，双方在谢季塔瓦展开激战，起义军遭到失败。4月1日，起义军在萨马拉激战中再次受挫，只好从奥伦堡撤退，向巴什基尔地区转移。在撤向巴什基尔地区的路途中，许多工人、农民和巴什基尔人加入了起义队伍。
1774年7月12日，普加乔夫把起义分成四个纵队，向俄国南方另一军事重镇喀山发动猛攻。经过激烈战斗，起义军攻破喀山城，**军仓惶逃走。两天后，官兵立即反掉过来，起义军只得弃城而走。在喀山战斗中，起义军阵亡和被俘约8000人，使新补充的队伍几乎全部丧失了。普加乔夫从喀山撤退，西渡伏尔加河，向顿河挺进，打算发动顿河地区的哥萨克，去攻打察里津，然后进攻莫斯科。在西进途中，沿途又有无数群众参加起义，起义很快席卷了诺夫哥罗德省和沃龙涅什省。这些西方的几千名贵族仓惶逃往莫斯科。叶卡杰琳娜二世惊恐万状，急忙从土耳其战场上调回苏沃洛夫的部队去追击普加乔夫。当普加乔夫的起义军刚刚逼近察里津，刚准备攻城，苏沃洛夫的部队就尾随而来。
1774年8月25日凌晨，双方在萨尔尼科夫展开决战，起义军被击溃。普加乔夫带领200多名残部，东渡伏尔加河，逃往草原深处。队伍不断缩小，最后剩下不到50人了。
1774年9月4日，起义军军事委员会成员特沃洛戈夫，炮兵长官丘马科夫等叛徒，把普加乔夫捆绑起来，交给了雅伊克镇的沙皇**当局。
1775年1月10日，普加乔夫在莫斯科被沙皇杀害。俄国历史上最大的一次农民起义被镇压下去了。
普加乔夫领导的农民战争虽然失败了，但它沉重打击了沙皇的专制统治，动摇了国家基础―农奴制，在俄国历史上留下了光辉的一页。</div>