康熙一面把他们安置在科尔沁放牧，一面责令噶尔丹罢兵西归。但噶尔丹气焰嚣张，置之不理，反而率兵乘势南下，深入乌珠穆沁境内。对于噶尔丹的猖狂南犯，康熙一面下令就地征集兵马，严行防堵，一面调兵遣将，准备北上迎击，先后在乌兰布通和昭莫多大破准噶尔。康熙三十六年（1698年）二月，康熙鉴于噶尔丹拒不投降，再次下诏亲征。噶尔丹在众叛亲离的情况下死去。至此康熙时期讨伐噶尔丹之战始告结束，漠北喀尔喀地区纳入清朝版图。
噶尔丹死后，策妄阿拉布坦便成为准噶尔部的统治者。随着他的统治地位的巩固和地盘的不断扩大，又萌生向东扩张的野心。策妄阿拉布坦在沙俄支持下，不断袭击清军据守的科布多、巴里坤、哈密等军事重镇，并派兵侵入西藏。由于康熙及时派兵进藏协同藏军围剿，才将准噶尔势力赶出西藏。
永定河原名浑河，又称“小黄河”，在流经北京附近时，常常淤塞成灾。康熙三十七年（1698年），清**招募了十几万民夫，在芦沟桥附近的良乡到东安，开掘了一条200里长的新河道，使原来的斥卤之地，成为膏腴良田。康熙曾亲自视察，并将浑河改名为“永定河”，赋予永远安定之义。
康熙十四年（1675年），康熙立时年两岁的二阿哥胤礽为皇太子，日后皇太子变得骄纵与蛮横并结党营私。康熙四十二年（1703年）康熙杀索额图，父子关系趋于紧张。康熙四十七年（1708年），在木兰围场的布尔哈苏行宫，康熙皇帝以皇太子胤礽“不法祖德，不遵朕训，惟肆恶虐众，暴戾yin乱”的理由，宣布废除太子。之后众多阿哥开始了对于皇位的觊觎。
大阿哥胤褆是庶长子，一向不被康熙喜欢，自知无望，向康熙提议立八阿哥胤禩，理由是“术士张明德尝相允祀必大贵”，又说要替父杀掉胤礽，让康熙极为寒心，严加训斥，同时对胤禩严加提防。这时三阿哥胤祉揭发大阿哥搞魇镇加害胤礽之事，康熙将大阿哥囚禁。康熙厌恶胤禩勾结胤褆，也将其关押，后又释放。
康熙四十八年（1709年）三月，恢复胤礽太子地位。
康熙五十年（1711年）末被告与刑部尚书齐世武、步军统领托合齐、兵部尚书耿额结党营私。康熙五十一年（1712年）九月再次下诏废太子。从此废太子一直被圈禁到死。三阿哥胤祉见此乱局，主动退出竞争。
胤礽再度被废后，八阿哥胤禩转而支持十四阿哥胤祯（四阿哥同母弟，后改名允禵），九阿哥胤禟、十阿哥胤俄附庸八阿哥。十三阿哥胤祥附庸四阿哥胤禛。胤禛在太子首次被废后，敢于为胤礽说好话，属***。胤礽二度被废之后，胤禛看到胤礽绝无复立之可能，开始结党营私，窥视储位。这时形成了以胤禛为首的四爷党和以胤禩为首的八爷党两大势力。
康熙对西方文化感兴趣，向来华传教士学习代数、几何、天文、医学等方面的知识，并颇有著述。有学者指出，有才华的传教士被皇帝欣赏和重用，西方先进的科学技术也被推崇和应用。而在民间，民人与西方传教士能够互相交游，西学在社会中得以自由传播，亦指出分别由康乾敕辑的丛书——《古今图书集成》和《四库全书》亦收录了传入中国的西方科学技术。
康熙除了学习西方科技之外还会应用实践，其最突出的成就，就是在发现原来的地图绘制方法相对落后之后，用科学方法和西方仪器绘制全国地图。康熙亦会利用巡行和出兵之便，实地测量，吸取经验。在康熙四十六年（1707年）委任耶稣会士雷孝思、白晋、社德美及中国学者何国楝、明安图等人走遍各省，运用当时最先进的经纬图法、三角测量法、梯形投影技术等在全国大规模实地测量，并于康熙五十七年（1718年）绘制成《康熙皇舆全览图》，其作被称为在当时世界地理学的最高成就，英国李约瑟亦称之为不但是亚洲当时所有的地图中最好的一幅，而且比当时的所有欧洲地图都要好、更精确。
康熙六十一年十一月十三日（1722年12月20日），康熙帝玄烨崩于北京畅春园清溪书屋，终年69岁。在位61年零10月。当时八爷党支持的十四阿哥胤祯远在西北，四阿哥胤禛留京。康熙近臣步军统领隆科多宣布康熙遗嘱，命胤禛继承皇位，是为雍正皇帝，为康熙帝上庙号圣祖，谥号合天弘运文武睿哲恭俭宽裕孝敬诚信功德大成仁皇帝，葬于景陵。</div>